Browsing by Author "Ramos, S."
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- Ecological quality assessment of transitional waters based on fish assemblages in Portuguese estuaries: The Estuarine Fish Assessment Index (EFAI)Publication . Cabral, H. N.; Fonseca, V. F.; Gamito, R.; Gonçalves, C. I.; Costa, J. L.; Erzini, Karim; Gonçalves, Jorge Manuel Santos; Martins, J.; Leite, L.; Andrade, José Pedro; Ramos, S.; Bordalo, A.; Amorim, E.; Neto, J. M.; Marques, J. C.; Rebelo, J. E.; Silva, C.; Castro, N.; Almeida, P. R.; Domingos, I.; Gordo, L. S.; Costa, M. JThe assessment of water quality has changed markedly worldwide over the last years, especially in Europe due to the implementation of the Water Framework Directive. Fish was considered a key-element in this context and several fish-based multi-metric indices have been proposed. In this study, we propose a multi-metric index, the Estuarine Fish Assessment Index (EFAI), developed for Portuguese estuaries, designed for the overall assessment of transitional waters, which could also be applied at the water body level within an estuary. The EFAI integrates seven metrics: species richness, percentage of marine migrants, number of species and abundance of estuarine resident species, number of species and abundance of piscivorous species, status of diadromous species, status of introduced species and status of disturbance sensitive species. Fish sampling surveys were conducted in 2006, 2009 and 2010, using beam trawl, in 13 estuarine systems along the Portuguese coast. Most of the metrics presented a high variability among the transitional systems surveyed. According to the EFAI values, Portuguese estuaries presented a "Good" water quality status (except the Douro in a particular year). The assessments in different years were generally concordant, with a few exceptions. The relationship between the EFAI and the Anthropogenic Pressure Index (API) was not significant, but a negative and significant correlation was registered between the EFAI and the expert judgement pressure index, at both estuary and water body level. The ordination analysis performed to evaluate similarities among North-East Atlantic Geographical Intercalibration Group (NEAGIG) fish-based indices put in evidence four main groups: the French index, since it is substantially different from all the other indices (uses only four metrics based on densities); indices from Ireland, United Kingdom and Spain (Asturias and Cantabria); the Dutch and German indices; and the indices of Belgium. Portugal and Spain (Basque country). The need for detailed studies, including comparative approaches, on several aspects of these assessment tools, especially in what regards their response to anthropogenic pressures was stressed. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.
- Ecological quality assessment of transitional waters based on fish assemblages in Portuguese estuaries: the Estuarine Fish Assessment Index (EFAI)Publication . Cabral, H. N.; Fonseca, V. F.; Gamito, R.; Gonçalves, C. I.; Costa, J. L.; Erzini, Karim; Gonçalves, J. M. S.; Martins, J.; Leite, L.; Andrade, José Pedro; Ramos, S.; Bordalo, A.; Amorim, E.; Neto, J. M.; Marques, J. C.; Rebelo, J. E.; Silva, C.; Castro, N.; Almeida, P. R.; Domingos, I.; Gordo, L. S.; Costa, M. J.The assessment of water quality has changed markedly worldwide over the last years, especially in Europe due to the implementation of the Water Framework Directive. Fish was considered a key-element in this context and several fish-based multi-metric indices have been proposed. In this study, we propose a multimetric index, the Estuarine Fish Assessment Index (EFAI), developed for Portuguese estuaries, designed for the overall assessment of transitional waters, which could also be applied at the water body level within an estuary. The EFAI integrates seven metrics: species richness, percentage of marine migrants, number of species and abundance of estuarine resident species, number of species and abundance of piscivorous species, status of diadromous species, status of introduced species and status of disturbance sensitive species. Fish sampling surveys were conducted in 2006, 2009 and 2010, using beam trawl, in 13 estuarine systems along the Portuguese coast. Most of the metrics presented a high variability among the transitional systems surveyed. According to the EFAI values, Portuguese estuaries presented a “Good” water quality status (except the Douro in a particular year). The assessments in different years were generally concordant, with a few exceptions. The relationship between the EFAI and the Anthropogenic Pressure Index (API) was not significant, but a negative and significant correlation was registered between the EFAI and the expert judgement pressure index, at both estuary and water body level. The ordination analysis performed to evaluate similarities among North-East Atlantic Geographical Intercalibration Group (NEAGIG) fish-based indices put in evidence four main groups: the French index, since it is substantially different from all the other indices (uses only four metrics based on densities); indices from Ireland, United Kingdom and Spain (Astúrias and Cantábria); the Dutch and German indices; and the indices of Belgium, Portugal and Spain (Basque country). The need for detailed studies, including comparative approaches, on several aspects of these assessment tools, especially in what regards their response to anthropogenic pressures was stressed.
- Efeito de vanádio na função fisiológica e na estrutura de actinaPublication . Ramos, S.Nesta dissertação, analisa-se o efeito de diferentes espécies de vanádio na estrutura e função da actina (42 kDa), isolada de músculo esquelético de coelho. Os efeitos putativos das diferentes espécies de vanádio em solução não se encontram devidamente esclarecidos, pelo que é fundamental determinar qual a composição das soluções utilizadas (metavanadato e decavanadato, ambas com V(V)) . Assim, e recorrendo a 51V-RMN, verificou-se que a solução de metavanadato é constituída pelas espécies monomérica (V1), dimérica (V2), tetramérica (V4) e pentamérica (V5) de vanadato, sendo a sua concentração dependente da concentração em oxovanádio(V) total, enquanto que numa solução de decavanadato existem, fundamentalmente, as espécies decamérica, V10 (aprox. 10 % da concentração em oxovanádio(V) total), e V1. A estabilidade de V10 foi analisada por UV-visível, tendo-se concluído que o tempo de meia-vida para a reacção de decomposição é de cerca de 5 horas, sendo a sua energia de activação de 63,4 kJ mol-1. Estabelecidas as condições óptimas que favoreciam a interacção entre o V10 e a actina, da titulação por RMN de uma solução 5 mM decavanadato com G-actina, resultou um V50 = 25,42 ± 2,32 µM G-actina. A partir da titulação de uma solução de actina com VOSO4, por RPE, determinaram-se os valores da constante de dissociação para a G-actina (Kd = 7,48 ± 1,11 µM VOSO4) e F-actina (43,05 ± 5,34 µM VOSO4). O efeito do vanádio na função da actina foi avaliado com recurso ao método de enzimas acoplados, tendo-se verificado que o decavanadato diminui a capacidade de F-actina estimular a actividade fisiológica de subfragmento-1 de miosina em 70% (IC50 = 8,04 ± 1,49 µM decavanadato), enquanto o metavanadato e o VOSO4 produziam uma inibição de apenas 15 %, aproximadamente. Recorrendo à técnica de dispersão de luz, observou-se, ainda, que o decavanadato inibia a polimerização da G-actina (IC50 = 17 ± 0,2 e 370 ± 0,72 µM decavanadato), sendo o efeito do oxovanádio(IV) muito similar, observando-se valores de IC50 = 15,1 ± 0,3 e 335,8 ± 6,3 µM VOSO4). O metavanadato inibe a polimerização da actina apenas para concentrações superiores a 2 mM. O efeito na despolimerização da F-actina foi menos acentuado, com inibições de 20 e 35 % para o metavanadato (IC50 = 2,7 ± 0,3 mM) e o decavanadato (IC50= 1,40 ± 0,09 mM decavanadato), respectivamente, enquanto o VOSO4 conduz a um ligeiro aumento da dispersão de luz. Verificou-se que 1300 µM decavanadato e 500 µM VOSO4 diminuiem a fluorescência intrínseca de Gactina em 30 e 100 %, respectivamente, sendo o efeito na F-actina mais pronunciado na presença de decavanadato (100 %) e menor na presença de VOSO4 (70 %), enquanto que para a solução de metavanadato a diminuição se observa apenas para concentrações superiores a 600 µM, tanto para a Gactina (70 %) como para a F-actina (100 %). No estudo da interacção de oxidovanádio(IV) com a actina, determinaram-se, a partir dos valores das constantes de Stern-Volmer os valores de Kd, tendo-se obtido valores semelhantes ao registados pelos estudos de RPE acima indicados. Além disso, determinou-se o valor do parâmetro A, definido como I320/I365, verificando-se que a actina nativa apresentava um valor de A = 2,6, enquanto que a presença de decavanadato e VOSO4 deslocava o valor de A para 1,4, sugerindo que a actina se encontra inactivada. A superfície hidrofóbica da actina foi determinada com recurso à sonda ANSA, observando-se que a presença de decavanadato contribuía para o seu aumento, na G-actina (2,6 vezes) e na F-actina (1,5 vezes), enquanto que para a solução de metavanadato não se observou qualquer efeito. Por seu turno, a superfície hidrofóbica da G-actina diminui em cerca de 15 % na presença de VOSO4 (IC50 =22,26 ± 2,09 µM VOSO4), não se observando qualquer efeito para a F-actina. O local de ligação de nucleótidos foi avaliado com recurso a ε-ATP, tendo-se verificado que a presença de decavanadato e VOSO4 alteram o valor da constante de velocidade da reacção de troca entre o ATP e a actina (k = 6,5 × 10−3 s−1 e 4,47 x 10-3 s-1 para decavanadato e VOSO4, respectivamente). Além disso, avaliou-se o estado redox dos resíduos cisteína, tendo-se verificado que a presença de decavanadato conduz à oxidação de um dos resíduos localizados no interior hidrofóbico da G-actina (IC50 =7,8 ± 0,2 µM decavanadato), enquanto que na F-actina para além deste (IC50 = 20,9 ± 0,2 µM decavanadato) se observou, também, a oxidação do resíduo Cys-374, exposto ao solvente (IC50 = 11,2 ± 0,1 µM decavanadato). A concomitante redução de vanadato, analisada por RPE, foi apenas observada para a solução de decavanadato. Finalmente, verificou-se, por 1H-RMN, alterações na estrutura da actina após interacção com o decavanadato e o oxidovanádio(IV). A presença de ATP no meio reaccional previne a interacção entre a actina e o vanádio, comprovada em todos os resultados acima apresentados.
- Robustness of the Estuarine Fish Assessment Index (EFAI) regarding water body definition criteriaPublication . Gonçalves, C. I.; Pasquaud, S.; Gamito, R.; Fonseca, V. F.; Costa, J. L.; Erzini, Karim; Gonçalves, Jorge Manuel Santos; Martins, J.; Leite, L.; Castro, N.; Andrade, José Pedro; Ramos, S.; Bordalo, A.; Amorim, E.; Neto, J. M.; Marques, J. C.; Costa, M. J.; Cabral, H.According to the Water Framework Directive (WFD) transitional waters should be differentiated according to type and, in some cases, divided into different water bodies. This raises a dilemma in trying to define parts of a continuum. In the sequence of WFD several indices have been proposed including the Estuarine Fish Assessment Index, which can be applied taking an estuary as a whole (EFAI - without water bodies division) or divided in water bodies (EFAI(WB)). The purpose of this work is to analyze the robustness of the Estuarine Fish Assessment Index, based on three different ways of dividing Portuguese estuaries into water bodies according to different criteria (criterion 1 - distance to the estuary mouth, criterion 2 - salinity and criterion 3 - morphology, salinity and human dimension as pressure and state). In this study we evaluated at which degree these three criteria could influence the ecological quality ratio (EQR) results, when the index was applied to water body level (EFAI(WB)). Also, for each estuary, the EQR(WB) results for each criterion of EFAI(WB) were combined and weighted according to the water bodies areas (EFAI overall weighted - EFAI(Ow)). Finally, it was compared if the results obtained for each criterion with the EFAI(OW) were similar to the results of the index application taking the estuary as a whole (EFAI without water bodies division). No significant differences were found in both cases, which indicated that this index is a robust method regarding the division of the estuaries in different water bodies, which is an important element of a fish-based multimetric tool for assessing estuarine ecological quality. However, in some cases, different ecological quality statuses were achieved when applying the EFAI(Ow) or the EFAI. This work addressed several aspects regarding the possible division of water bodies at the WFD context. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.
- The dependence of the anomalous J/psi suppression on the number of participant nucleonsPublication . M. C. Abreu; Alessandro, B.; Alexa, C.; Arnaldi, R.; Atayan, M.; Baglin, C.; Baldit, A.; Bedjidian, M.; Beole, S.; Boldea, V.; Bordalo, P.; Borges, G.; Bussiere, A.; Capelli, L.; Castor, J.; Castanier, C.; Chaurand, B.; Chevrot, I; Cheynis, B; Chiavassa, E; Cicalo, C; Claudino, T; Comets, M. P.; Constans, N.; Constantinescu, S.; Cortese, P.; De Marco, N.; De Falco, A.; Dellacasa, G.; Devaux, A.; Dita, S.; Drapier, O.; Ducroux, L.; Espagnon, B.; Fargeix, J.; Force, P.; Grigorian, A. A.; Grigorian, S.; Grossiord, J. Y.; Guber, F. F.; Guichard, A.; Gulkanyan, H.; Hakobyan, R.; Haroutunian, R.; Idzik, M.; Jouan, D.; Karavitcheva, T. L.; Kluberg, L.; Kurepin, A. B.; Le Bornec, Y.; Lourenco, C.; Macciotta, P.; Mac Cormick, M.; Marzari-Chiesa, A.; Masera, M.; Masoni, A.; Monteno, M.; Musso, A.; Petiau, P.; Piccotti, A.; Pizzi, J. R.; Prino, F.; Puddu, G.; Quintans, C.; Ramos, S.; Ramello, L.; Mendes, P. R.; Riccati, L.; Romana, A.; Santos, H.; Saturnini, P.; Scalas, E.; Scomparin, E.; Serci, S.; Shahoyan, R.; Sigaudo, F.; Silva, S.; Sitta, M.; Sonderegger, P.; Tarrago, X.; Topilskaya, N. S.; Usai, G. L.; Vercellin, E.; Villatte, L.; Willis, N.The observation of an anomalous J/psi suppression in Pb-Pb collisions by the NA50 Collaboration can be considered as the most striking indication for the deconfinement of quarks and gluons at SPS energies. In this Letter, we determine the J/psi suppression pattern as a function of the forward hadronic energy E-ZDC measured in a Zero Degree Calorimeter (ZDC). The direct connection between EZDC and the geometry of the collision allows us to calculate, within a Glauber approach, the precise relation between the number of participant nucleons N-part and E-ZDC. Then, we check if the experimental data can be better explained by a sudden or a smooth onset of the anomalous J/psi suppression as a function of the number of participants. (C) 2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.