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- Enhancing cryopreservation of human induced pluripotent stem cells: bottom‐up versus conventional freezing geometryPublication . Teodoro Duarte Garcia Morais, Fernando Jorge; El-Guendouz, Soukaina; Neves, Rafaela; Duarte, Andreia; Rodrigues, Miguel A.; Pinho Melo, EduardoInduced pluripotent stem cells (iPSCs) hold large potential in regenerative medicine due to their pluripotency and unlimited self-renewal capacity without the ethical issues of embryonic stem cells. To provide quality-controlled iPSCs for clinical therapies, it is essential to develop safe cryopreservation protocols for long-term storage, preferably amenable to scale-up and automation. We have compared the impact of two different freezing geometries (bottom-up and conventional radial freezing) on the viability and differentiation potential of human iPSCs. Our results demonstrate that bottom-up freezing under optimized conditions significantly increases iPSC viability, up to 9% for cell membrane integrity and up to 21% for cell metabolic state, compared to conventional freezing. The improvement achieved for bottom-up versus conventional freezing was maintained after scale-up from cryogenic vials to 30 mL bags, highlighting its potential for clinical applications. These findings show that bottom-up freezing can offer a more controlled and scalable cryopreservation strategy for iPSCs, promoting their application in regenerative medicine.
- First release of the European marine omics biodiversity observation network (EMO BON) shotgun metagenomics data from water and sediment samplesPublication . Pavloudi, Christina; Santi, Ioulia; Azua, Iñigo; Baña, Zuriñe; Bastianini, Mauro; Belser, Caroline; Bilbao, Jone; Bitz-Thorsen, Julie; Broudin, Caroline; Camusat, Mathieu; Cancio, Ibon; Caray-Counil, Louis; Casotti, Raffaella; Castel, Jade; Comtet, Thierry; Cox, Cymon; Daguin, Claire; Cerio, Oihane Díaz de; Exter, Katrina; Fauvelot, Cécile; Frada, Miguel; Galand, Pierre; Garczarek, Laurence; Fernández, Jose González; Guillou, Laure; Hablützel, Pascal; Heynderickx, Hanneloor; Houbin, Céline; Kervella, Anne; Krystallas, Apostolos; Lagaisse, Rune; Laroquette, Arnaud; Lescure, Lyvia; Lopes, Eva; Loulakaki, Melina; Louro, Bruno; Magalhaes, Catarina; Maidanou, Maria; Margiotta, Francesca; Montresor, Marina; Not, Fabrice; Paredes, Estefanía; Percopo, Isabella; Péru, Erwan; Poulain, Julie; Præbel, Kim; Rigaut-Jalabert, Fabienne; Romac, Sarah; Stavroulaki, Melanthia; Troncoso, Jesús Souza; Thiébaut, Eric; Thomas, Wilfried; Tkacz, Andrzej; Trano, Anna Chiara; Wincker, Patrick; Pade, NicolasThe European Marine Omics Biodiversity Observation Network (EMO BON) is an initiative of the European Marine Biological Resource Centre (EMBRC) to establish a persistent genomic observatory amongst designated European coastal marine sites, sharing the same protocols for sampling and data curation. Environmental samples are collected from the water column and, at some sites, soft sediments and hard substrates (Autonomous Reef Monitoring Structures- ARMS), together with a set of mandatory and discretionary metadata (including Essential Ocean Variables- EOVs). Samples are collected following standardised protocols at regular and specified intervals and sequenced in large six-monthly batches at a centralised sequencing facility. The use of standard operating procedures (SOPs) during data collection, library preparation and sequencing aims to provide uniformity amongstthe data collected from the sites. Coupled with strict adherence to open and FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) data principles, this ensures maximum comparability amongst samples and enhances reusability and interoperability of the data with other data sources. The observatory networkwas launched in June 2021, when the first sampling campaign took place.
- I was thinking about something else: assessing mind wandering in school-aged childrenPublication . Dias, Andreia Filipa Carmo; Inácio, Filomena Café; Faísca, Luís Miguel MadeiraMind wandering, ou a divagação mental, é um fenómeno humano universal descrito como uma mudança de atenção de uma tarefa em curso para pensamentos gerados internamente. Sendo assim, ocorre quando estamos a fazer uma tarefa e começamos a pensar em outra coisa. Esta experiência consume grande parte do nosso dia-a-dia. Estima-se que os adultos passam 30 a 50% do seu tempo em divagação mental, enquanto as crianças passam cerca de 20 a 33% do seu tempo a divagar. A nível mundial, cada vez mais tem crescido o número de estudos acerca da divagação mental. Ao longo dos anos foram surgindo várias definições relativas à divagação mental, sendo a mais operacionalizada a Task-Unrelated Thoughts, que descreve a divagação mental como pensamentos que não estão relacionados com a tarefa. A divagação mental pode acontecer de forma intencional, quando o indivíduo escolhe deixar os seus pensamentos divagarem, ou de forma não intencional, quando é espontânea, ocorrendo mesmo quando estamos a tentar prestar bastante atenção à tarefa que estamos a fazer. Não se sabe exatamente o porquê da nossa mente divagar, mas podemos tentar avaliar a divagação mental através de métodos subjetivos ou de métodos objetivos. Num dos métodos subjetivos, é perguntado ao participante que se encontra a realizar uma tarefa se a sua atenção num dado momento está focada na tarefa ou se estava a pensar em outra coisa (probe-caught method). Outro método de avaliação solicita ao participante que reporte espontaneamente quando está em divagação metal (self-caught method). Ambos os procedimentos envolvem a interrupção da tarefa em curso. O retrospective method implica recolher retrospetivamente dados sobre a frequência da divagação mental através de questionários. Existem também métodos objetivos tais como detetar a divagação mental através de indicadores somáticos ou neurofisiológicos, nomeadamente através dos movimentos oculares, dilatação da pupila, frequência cardíaca, marcadores neurais (através da eletroencefalografia) ou pela análise das expressões faciais. Nos adultos, os estudos de neuroimagem e a investigação comportamental têm confirmado a validade dos métodos subjetivos por autorrelato. Há também estudos que mostram que crianças a partir dos 8 anos são capazes de identificar quando a sua mente divaga e descrever o conteúdo do seu pensamento. Neste sentido, será importante usar mais de um método para tentar avaliar de forma precisa a frequência de divagação mental. Vários estudos tentam explorar a relação entre a divagação mental e o desempenho cognitivo. Por um lado, temos autores que encontraram estar a divagação mental associada a processos benéficos, como o aumento da criatividade, ajuda na resolução de problemas e na planificação. Por outro lado, a divagação mental pode ter um efeito negativo em tarefas que envolvem a atenção sustentada e memória de trabalho, como, por exemplo, a leitura. A aprendizagem baseia-se na aquisição de conhecimentos e na integração desses novas nossas aprendizagens com conhecimentos prévios e a divagação mental pode interferir nesse processo. Apesar do seu evidente impacto educativo, poucos estudos investigam a divagação mental em crianças. A grande maioria dos estudos usa os adultos como população alvo, resultando em poucos estudos a caracterizar a divagação mental nas crianças. Deste, modo, o objetivo do presente estudo é explorar a possibilidade de avaliar a divagação mental em crianças portuguesas e determinar se existe associação entre a divagação mental e o desempenho cognitivo destas crianças. A amostra incluiu 48 crianças com idades compreendidas entre os 8 e os 11 anos. Foi feita uma atividade de treino, seguida de uma tarefa de detenção de divagação mental. Esta tarefa foi adaptada para o português e nela os participantes viam e ouviam um vídeo gravado onde se narrava uma história sobre o Egito Antigo. Durante esta narrativa foram feitas seis interrupções (probe-thoughts) para questionar os participantes se estavam a pensar na história narrada no momento imediatamente anterior à interrupção ou se estavam a pensar em outra coisa. Caso estivessem a pensar na história, respondiam a duas perguntas simples. Se estivessem a pensar noutra coisa, tinham de dizer aquilo em que estavam a pensar e se esse pensamento divergente ocorrera intencionalmente ou simplesmente surgira na sua cabeça. Durante este procedimento, os participantes eram filmados para registar a sua expressão facial, sendo também registada a sua frequência cardíaca com recurso a um smartwatch. No final da narrativa, eram feitas oralmente dez perguntas de resposta fechada acerca da história, para assegurar o grau de atenção à mesma. Finalmente, foram aplicadas, pela mesma ordem, seis provas de avaliação cognitiva (memória de dígitos, fluência verbal fonémica e semântica, trilhas, matrizes progressivas coloridas de Raven, teste de Stroop com frutas), e, por fim, o questionário de divagação mental. Os resultados revelam que os participantes relatam estar em divagação mental em aproximadamente 16% do tempo em que estão a fazer a tarefa. Normalmente a mente divaga de forma não intencional, ou seja, a divagação acontece mesmo quando as crianças estão a tentar prestar atenção. Foi encontrada uma correlação positiva moderada entre a medida de divagação mental durante a tarefa e a medida de divagação mental do dia-a-dia, o que sugere que as crianças que divagam menos durante uma tarefa são também aquelas que apresentam menos propensão para divagar no seu quotidiano. No entanto, não foram encontradas associações entre as duas medidas de divagação mental e as provas cognitivas, a idade, género, nem com as medidas relativas ao batimento cardíaco. Embora os estudos sobre a divagação mental tenham aumentado na última década, continua a ser necessário desenvolver investigação para compreender melhor este fenómeno humano. Seria importante que, em estudos futuros, se elaborassem métodos que avaliassem com precisão a divagação mental e se clarificassem os fatores associados a uma maior divagação mental. Desta forma, será possível maximizar ou diminuir a divagação mental, dependendo da situação em que nos encontramos e dos nossos objetivos.
- Desenvolvimento e otimização de bombons de alfarrobaPublication . Oliveira, Ana Carolina Jesus; Cruz, Rui Mariano da SousaA indústria alimentar é um setor de extrema importância por todo o mundo, pelo que se destaca a necessidade de inovação com novos produtos e reinvenção dos já existentes. A alfarroba, fruto colhido da espécie Ceratonia siliqua L., tem vindo a destacar-se em várias indústrias, incluindo a alimentar, como potencial substituto ao cacau. A presente dissertação, foi desenvolvida no âmbito de um estágio e teve como objetivo desenvolver e caracterizar bombons de alfarroba com recheio semilíquido. Os bombons foram desenvolvidos com a mesma formulação de cobertura e recheio, variando as condições de produção. Os bombons foram avaliados em termos de dimensões, cor, textura, atividade da água, presença de fat bloom e características sensoriais. Com base nos resultados obtidos, verificou-se que os bombons desenvolvidos apresentaram um diâmetro de cerca de 31 mm e uma altura entre 11 e 12 mm. Em relação à cor, os bombons apresentaram valores de luminosidade (L*) inferiores a 50, com os parâmetros a* e b* a variarem entre 1,5 e 3. Quanto à textura todos os bombons demonstraram uma dureza entre 1400 e 1500 g.f. A atividade da água do recheio e da cobertura foi bastante baixa com valores de 0,300 e 0,360, respetivamente. Verificou-se o aparecimento de fat bloom em algumas amostras, nomeadamente na amostra T2. Relativamente à análise sensorial, o painel de provadores demonstrou uma ligeira preferência pelo bombom com recheio (amostra 2), particularmente no sabor, no sabor a amêndoa e na apreciação global. Em síntese, foram recolhidos todos os dados necessários para, doravante, otimizar o protocolo e adaptar a produção à escala industrial.