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Publication
Functional studies on zeb transcription factors in glioblastoma
| Name: | Description: | Size: | Format: | |
|---|---|---|---|---|
| 2.39 MB | Adobe PDF |
Advisor(s)
Abstract(s)
Glioblastoma (GBM) remains the deadliest primary brain tumour in adults, in part due
to its highly invasive nature. Although not a classical model of epithelial-to-mesenchymal
transition (EMT), recent work from our group has implicated the EMT transcription factor (TF)
ZEB1 in regulating an "EMT-like" process that contributes to GBM tumour invasion. It is also
known that ZEB1 works both as an activator and repressor of gene expression in various gene
expression paradigms, including in GBM. Another member of the ZEB family, ZEB2, has also
been implicated in GBM pathophysiology, but how its function differs from that of ZEB1,
remains unclear. In this work, we focused on the role of ZEB2 in GBM, and how it compares
with ZEB1. First, we compared the activity of ZEB proteins in transcriptional assays, performing
reporter gene assays in transfected cells. Results show ZEB2 has repressive activity in two
gene expression paradigms where ZEB1 functions as a transcriptional activator, revealing
distinct features of these TFs. Next, we investigated how the two ZEB TFs compare in
correlational studies using transcriptomics data from large cohorts of GBM tumours. We found
both TFs to be differently expressed across different GBM subtypes. However, we discovered
high inconsistency of results obtained across data sets, highlighting unexpected differences
between transcriptomics databases. Last, we compared how ZEB TFs are recruited to
regulatory regions of target genes in a cellular model of GBM using chromatin
immunoprecipitation followed by quantitative polymerase chain reaction (ChIP-qPCR). This
showed that the opposing transcriptional activities observed are both associated with binding
of each TF to regulatory regions. Moreover, the ChIP protocol established was used for
preparing a ChIP-sequencing sample to compare the genome-wide binding profiles of both
ZEB TFs.
O glioblastoma (GBM) é o tumor cerebral primário mais fatal em adultos, em parte devido à sua natureza altamente invasiva. Embora não seja um modelo clássico de transição epitélio-mesênquima (EMT), um estudo recente do nosso grupo associou o fator de transcrição (TF) ZEB1 à regulação de um processo "semelhante a EMT" que contribui para a invasão tumoral em GBM. Sabe-se ainda que ZEB1 funciona tanto como ativador como repressor em vários paradigmas de expressão génica, incluindo no GBM. Outro membro da família ZEB, ZEB2, também está envolvido na fisiopatologia do GBM, mas sem conhecimento acerca de que forma a sua função difere da de ZEB1. Neste trabalho, focámo-nos no papel do ZEB2 em GBM e como se compara ao ZEB1. Em primeiro lugar, comparámos a atividade das proteínas ZEB em ensaios de transcrição, realizando ensaios de genes-repórter em células transfetadas. Os resultados mostram que ZEB2 tem atividade repressiva em dois paradigmas onde ZEB1 atua como um ativador transcripcional, revelando características distintas desses TFs. Em seguida, investigámos como ambos os ZEBs se comparam em estudos correlacionais usando dados transcriptómicos de grandes coortes de GBM. Ambos os TFs apresentaram diferentes níveis de expressão entre diferentes subtipos de GBM. Contudo, verificou-se alta inconsistência dos resultados obtidos entre os conjuntos de dados, destacando diferenças inesperadas nas bases de dados transcriptómicas. Por último, comparámos a forma como ambos os TFs são recrutados para regiões reguladoras de genesalvo num modelo celular de GBM usando imunoprecipitação da cromatina seguida por reação em cadeia da polimerase (ChIP-qPCR). Esta técnica permitiu verificar que as atividades de transcrição antagonistas observadas estão associadas à ligação de cada TF a regiões reguladoras. Além disso, o protocolo ChIP estabelecido foi usado para preparar uma amostra de sequenciação ChIP para comparar os perfis de ligação de ambos os TFs ZEB no genoma.
O glioblastoma (GBM) é o tumor cerebral primário mais fatal em adultos, em parte devido à sua natureza altamente invasiva. Embora não seja um modelo clássico de transição epitélio-mesênquima (EMT), um estudo recente do nosso grupo associou o fator de transcrição (TF) ZEB1 à regulação de um processo "semelhante a EMT" que contribui para a invasão tumoral em GBM. Sabe-se ainda que ZEB1 funciona tanto como ativador como repressor em vários paradigmas de expressão génica, incluindo no GBM. Outro membro da família ZEB, ZEB2, também está envolvido na fisiopatologia do GBM, mas sem conhecimento acerca de que forma a sua função difere da de ZEB1. Neste trabalho, focámo-nos no papel do ZEB2 em GBM e como se compara ao ZEB1. Em primeiro lugar, comparámos a atividade das proteínas ZEB em ensaios de transcrição, realizando ensaios de genes-repórter em células transfetadas. Os resultados mostram que ZEB2 tem atividade repressiva em dois paradigmas onde ZEB1 atua como um ativador transcripcional, revelando características distintas desses TFs. Em seguida, investigámos como ambos os ZEBs se comparam em estudos correlacionais usando dados transcriptómicos de grandes coortes de GBM. Ambos os TFs apresentaram diferentes níveis de expressão entre diferentes subtipos de GBM. Contudo, verificou-se alta inconsistência dos resultados obtidos entre os conjuntos de dados, destacando diferenças inesperadas nas bases de dados transcriptómicas. Por último, comparámos a forma como ambos os TFs são recrutados para regiões reguladoras de genesalvo num modelo celular de GBM usando imunoprecipitação da cromatina seguida por reação em cadeia da polimerase (ChIP-qPCR). Esta técnica permitiu verificar que as atividades de transcrição antagonistas observadas estão associadas à ligação de cada TF a regiões reguladoras. Além disso, o protocolo ChIP estabelecido foi usado para preparar uma amostra de sequenciação ChIP para comparar os perfis de ligação de ambos os TFs ZEB no genoma.
Description
Keywords
Transcriptómicos Coortes de gbm Tumor cerebral primário Epitélio-mesênquima (emt) Genes-repórter