Vitivirus presentes em castas portuguesas de Vitis vinifera: caraterização molecular e diagnóstico

Duarte, Vilma Vanessa Fernandes

Publication

Vitivirus presentes em castas portuguesas de Vitis vinifera: caraterização molecular e diagnóstico

2015-11-30Master thesis

datacite.subject.fos	Ciências Naturais::Ciências Biológicas	pt_PT
dc.contributor.advisor	Fonseca, Filomena
dc.contributor.author	Duarte, Vilma Vanessa Fernandes
dc.date.accessioned	2016-04-08T13:36:23Z
dc.date.available	2016-04-08T13:36:23Z
dc.date.issued	2015-11-30
dc.date.submitted	2015
dc.description	Dissertação de mestrado, Biologia Molecular e Microbiana, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015
dc.description.abstract	O impacto do complexo de doenças do lenho rugoso em Vitis vinifera ssp. L é reconhecido mundialmente. Os Vitivirus GVA e GVB estão implicados como agentes causadores desta doença. Embora haja muita informação relativa a GVA, a função da ORF 5 não está ainda bem definida, bem como a organização em grupos filogenéticos das variantes daquele vírus. Estudos indicam a presença de três ou quatro grupos filogenéticos, mas neste trabalho, as sequências obtidas alinhadas com as 12 sequências genómicas completas disponíveis em GenBank, conduziram-nos à organização em dois grupos filogenéticos principais (grupos I e II). Estabeleceu-se, ainda neste trabalho, um ensaio de tipificação RT-PCR-RFLP com uma enzima de restrição que permitiu a distinção entre os dois grupos filogenéticos determinados. A informação relativa a GVB é praticamente inexistente. Neste trabalho foram obtidas sequências de seis isolados. Este conhecimento permitiu-nos, pela primeira vez, estabelecer uma relação filogenética e agrupar as variantes caracterizadas em três grupos filogenéticos. Os domínios proteícos da proteína p10 foram investigados e detetaram-se quatro motivos de fosforilação e um de N-miristoilação. Com a informação obtida de GVA e GVB, desenhou-se um PCR-duplex, com primers específicos para cada Vitivirus. Esta ferramenta permitiu o aperfeiçoamento da deteção molecular destes vírus, de uma forma mais sensível e específica que a atual técnica de DAS-ELISA com anticorpos comerciais. Uma vez que foi verificada a presença de GLRaV-3, nos isolados de GVA e ou GVB, foi feito um ensaio de RT-PCR-RFLP para tipificação das variantes daquele virus presentes nas co-infeçoes. Verificou-se que as variantes do grupo filogenético 1 de GLRaV-3 tinham uma incidência de 80%. Este trabalho permitiu a obtenção de informação acerca das variantes destes Vitivirus, em castas portuguesas, contribuindo para um melhoramento da caracterização filogenética e funcional de GVA e GVB, em diferentes regiões genómicas, bem como o desenvolvimento de novas ferramentas destes vírus.	pt_PT
dc.identifier.tid	201216205
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10400.1/7961
dc.language.iso	por	pt_PT
dc.subject	Biologia molecular	pt_PT
dc.subject	Videira	pt_PT
dc.subject	Viroses	pt_PT
dc.subject	Filogenia	pt_PT
dc.title	Vitivirus presentes em castas portuguesas de Vitis vinifera: caraterização molecular e diagnóstico	pt_PT
dc.type	master thesis
dspace.entity.type	Publication
rcaap.rights	openAccess	pt_PT
rcaap.type	masterThesis	pt_PT
thesis.degree.grantor	Universidade do Algarve. Faculdade de Ciências e Tecnologia
thesis.degree.level	Mestre
thesis.degree.name	Mestrado em Biologia Molecular e Microbiana	pt_PT