Estudo da transferibilidade de marcadores moleculares para crumbly entre cultivares de Rubus idaeus L.

Oliveira, Melissa Yves de Souza

Publication

Estudo da transferibilidade de marcadores moleculares para crumbly entre cultivares de Rubus idaeus L.

2024-11-29Master thesis

datacite.subject.fos	Ciências Naturais::Outras Ciências Naturais
dc.contributor.advisor	Varela, Ana Rita
dc.contributor.advisor	Duarte, Amílcar M. Marreiros
dc.contributor.author	Oliveira, Melissa Yves de Souza
dc.date.accessioned	2025-04-14T12:37:25Z
dc.date.available	2025-04-14T12:37:25Z
dc.date.issued	2024-11-29
dc.description.abstract	A framboeseira (Rubus idaeus L.) é uma cultura de considerável importância económica e boa aceitação pelos consumidores. Porém, a qualidade comercial do seu fruto pode ser severamente comprometida pela ocorrência de crumbly, uma malformação que resulta da adesão insuficiente entre as drupéolas que leva à desintegração completa do fruto. O presente estudo teve como objetivo verificar a aplicabilidade de marcadores moleculares dos tipos SSR e SNP para prever o aparecimento do fenótipo crumbly em cultivares de Rubus idaeus. Foram utilizados oito marcadores descritos na literatura como identificados em regiões do genoma previamente associadas ao fenótipo crumbly; e analisadas 34 cultivares, incluindo sete avaliadas fenotipicamente quanto a crumbly. A identificação dos marcadores moleculares foi feita através de PCR-eletroforese capilar para os SSRs e PCR-sequenciação Sanger para os SNPs. A relação dos loci com a ocorrência do fenótipo crumbly foi estudada utilizando Análise de Coordenadas Principais (PCoA) e um modelo de árvore de decisão. Além disso, regiões adjacentes aos loci originais foram exploradas para SNPs, com vista a ampliar a lista de potenciais marcadores. Os resultados indicam que os marcadores moleculares testados estão associados à variação do fenótipo crumbly observada nos acessos. A introdução de mais cultivares caracterizados fenotipicamente para crumbly poderá tornar a análise de correlações mais robusta e elucidar a relação entre os marcadores identificados e o aparecimento deste fenótipo. Propõe-se uma redefinição fenotípica desta condição para uma caracterização qualitativa e quantitativa mais adequada, facilitando de futuro o estudo de correlações com elementos genéticos dos cultivares. Este trabalho contribui para a compreensão da base genética do crumbly e constitui mais um passo no desenvolvimento de ferramentas de identificação precoce de plantas resistentes ou suscetíveis a este acidente fisiológico.	por
dc.description.abstract	The red raspberry (Rubus idaeus L.) is a crop of considerable economic importance and well-accepted by consumers. However, the commercial quality of its fruit can be severely compromised by the occurrence of crumbly fruit, a malformation resulting from insufficient drupelet cohesion, leading to the complete disintegration of the fruit. The aim of this study was to assess the applicability of SSR and SNP molecular markers to predict the occurrence of the crumbly phenotype in Rubus idaeus cultivars. Eight markers described in the literature as being identified in genomic regions previously associated with the crumbly phenotype were used, and 34 cultivars were analyzed, including seven that had been phenotypically assessed for crumbly. Marker identification was carried out through PCR-capillary electrophoresis for SSRs and PCR-Sanger sequencing for SNPs. The relationship between the loci and the occurrence of the crumbly phenotype was investigated using Principal Coordinate Analysis (PCoA) and a Decision Tree model. Additionally, regions adjacent to the original loci were explored for SNPs to expand the list of potential markers. The results indicate that the tested molecular markers are associated with the variation of crumbly phenotype observed in the accessions. The inclusion of more cultivars phenotypically characterized for crumbly could strengthen the correlation analysis and clarify the relationship between the identified markers and the occurrence of this phenotype. A phenotypic redefinition of this condition is proposed to allow for a more appropriate qualitative and quantitative characterization, facilitating future studies on correlations with the genetic elements of the cultivars. This work contributes to the understanding of the genetic basis of crumbly fruit and represents a step forward in the development of tools for the early identification of plants resistant or susceptible to this physiological disorder.	eng
dc.description.sponsorship	Por fim, sou grata à Universidade do Algarve e ao Instituto de Investigação Agrária e Veterinária (INIAV), pelo suporte estrutural e financeiro que permitiu a realização deste projeto.
dc.identifier.tid	203802462
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10400.1/27023
dc.language.iso	por
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subject	Rubus idaeus
dc.subject	Crumbly
dc.subject	Single nucleotide polymorphism (SNP)
dc.subject	Simple sequence repeat (SSR)
dc.title	Estudo da transferibilidade de marcadores moleculares para crumbly entre cultivares de Rubus idaeus L.
dc.type	master thesis
dspace.entity.type	Publication
thesis.degree.grantor	Universidade do Algarve. Faculdade de Ciências e Tecnologia
thesis.degree.level	Mestre
thesis.degree.name	Mestrado em Hortofruticultura